申请个人所得税减免的流程，具体如下：
1、个人申请
符合规定享受减免税优惠的个人，应对照减免税和减免税项目，在发放个人工资薪金前，向财务处提交减免税申请及相关资料；
2、资料提供
申请享受减免税优惠的个人，应提供的资料主要包括：
（1）申请人本人签名的享受减免税优惠的申请原件；
（2）本人有效证件（身份证、护照等）复印件；
（3）与申请减免税项目直接相关的文件、证书、证件复印件，如批准为高层次人才的文件、证书，获省级、部委和中国人民军以上单位以及外国组织、国际组织颁发奖金的文件、证书，享受特殊津贴的专家、学者的文件、证书等；
（4）其他相关资料，如本人应取得相应收入的证明、合同、协议等资料，与减免税项目相关的资料。
3、报主管税务机关办理
财务处收到个人提交的减免个人所得税申请及相关资料后，经初步检查并汇总当月减免个人所得税的申请，拟订公司当月办理减免个人所得税申请并整理完善有关资料，经领导审批、加盖公章后报主管税务机关办理。
4、主管税务机关核实
经主管税务机关核实，符合享受减免个人所得税优惠的，向公司出具未盖公章的税务事项通知书和纳税人减免税备案表，经公司法人签字、加盖公司公章后，送主管税务机关盖章。
5、信息公开
主管税务机关出具的税务事项通知书和纳税人减免税备案表盖章，个人所得税减免税备案手续完成。财务处及时将税务事项通知书和纳税人减免税备案表在OA系统和财务处网站公开。
纳税人应当依法办理纳税申报的情况如下：
1、取得综合所得需要办理汇算清缴；
2、取得应税所得没有扣缴义务人；
3、取得应税所得，扣缴义务人未扣缴税款；
4、取得境外所得；
5、因移居境外注销中国户籍；
6、非居民个人在中国境内从两处以上取得工资、薪金所得；
7、规定的其他情形。
综上所述，申请减免个人所得税需要符合减免的条件，然后携带税务登记证副本，填写涉税事项综合申请表，备齐所需资料，待主管税务机关收取资料和调查审核，通过后依法享受所规定的的减免。
【法律依据】：
《中华人民共和国个人所得税法》第五条
有下列情形之一的，可以减征个人所得税，具体幅度和期限，由省、自治区、直辖市规定，并报同级人民代表大会常务委员会备案：
（一）残疾、孤老人员和烈属的所得；
（二）因自然灾害遭受重大损失的。
可以规定其他减税情形，报全国人民代表大会常务委员会备案。